数字PCR和融合基因的那些事儿
*,融合基因检测对临床诊断及预后指导都具有十分重要的意义。那么究竟什么是融合基因呢?
融合基因的发现始于上个世纪60年代,它是指染色体断裂后又重新拼接。如果恰巧拼接时发生了错误,使两个不同基因互相融合,大多数情况下,它会造成某些序列或功能异常的蛋白表达,亦或者是某些基因表达失调,从而促进肿瘤的发生。
传统的数字PCR检测融合基因的方法主要有显微观察,原位杂交等;新一点的方法有高通量测序等,但多因为发生基因融合原因的多样性,融合基因的表达量较低等因素而达不到的测定。
目前,新的定量技术-数字PCR方法的发展使得检测融合基因变成了可能。如一篇文章中报道所示:
毛细胞星形细胞瘤(Pilocytic astrocytomas)是年轻患者中常见的神经胶质瘤亚型,占所有神经胶质瘤的5.4%。KIAA1549基因和BRAF基因融合是毛细胞星形细胞瘤的标志,能够检测到二者的融合对于诊断至关重要。此外,由于KIAA1549-BRAF融合性地激活MAP激酶途径,因此它也代表了诸如MEK抑制剂之类的药物的靶标。研究人员用数字PCR的方式检测了一批福尔马林固定石蜡包埋组织上的KIAA1549-BRAF基因融合情况,包括40个毛细血管星形细胞瘤,27个难以分类的神经上皮肿瘤,15个胚胎发育不良的神经上皮瘤和18个神经胶质瘤。并将该结果和检测KIAA1549-BRAF融合状态的金标准技术RNA测序方法进行比较,结果发现与RNA测序相比,数字PCR检测的灵敏度和特异性为100%。
到目前为止,人们已经发现了大约2万个融合基因,但是它们在癌症发展中相关机制仍知之甚少。因此,能够的检测出融合基因并对其进行相关研究,是癌症医疗中的重要一步。目前采用数字PCR进行融合基因的检测正逐渐变成一种主流方法。
法国Stilla Technologies的NaicaTM微滴芯片数字PCR系统,利用cutting-edge微流体创新型芯片——Sapphire芯片作为数字PCR过程的耗材。样品通过毛细通道网格以30,000个微滴的形式进入2D芯片中。并且还是3色荧光检测仪器,整个流程只需要两个半小时。结合强大的图像分析技术和直观可视的检测功能,从而达到了数字PCR定量的置信水平,获得的数据真实可信。
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